Andaba paseando por ahí en internet, cuando me encontré con esto, una pequeña discusión en Yahoo! Respuestas, en la que tratan de hallar la razón de todo esto. La más interesante fue la del usuario Maldito2000, quien halló la siguiente información:

En 1824 se restableció la República y el congreso decretó que la Ciudad de México se separara administrativamente del estado del mismo nombre con un territorio dividido en cuarteles y con el nombre de Distrito Federal. Entre otras medidas republicanas, el Presidente Guadalupe Victoria mandó retirar la estatua de Carlos IV de la Plaza Mayor, borrar los blasones nobiliarios de los edificios e iniciar la ceremonia del 16 de septiembre que en ese entonces tuvo tales tintes antiespañoles que acabó con la expulsión de los comerciantes peninsulares en 1827.